Bury

Vào tháng 5 năm 2018, Lowe được bổ nhiệm làm huấn luyện viên toàn thời gian của Bury theo hợp đồng hai năm.[36] Bury vừa xuống hạng và để "sắp xếp lại mớ hỗn độn của mùa giải trước" và chuẩn bị cho mùa giải 2018–19 tại EFL League Two, Lowe đã rất bận rộn trên thị trường chuyển nhượng với 11 cầu thủ rời đi và 11 cầu thủ khác được chuyển đến, tất cả đều theo dạng chuyển nhượng tự do. Ông nói rằng những cầu thủ không phát huy hết tiềm năng của mình phải ra đi và được thay thế bằng những cầu thủ có niềm đam mê nào đó "có thể bị mất ghế ở Gigg Lane".[10]

Sau khởi đầu không ổn định ở mùa giải mà đội bóng mới tìm được chỗ đứng, Bury đã đạt vị trí thứ 4 trên bảng xếp hạng khi họ gặp đối thủ thăng hạng Mansfield Town vào dịp lễ Boxing Day. Họ thua trận đó và tụt xuống vị trí thứ sáu nhưng sau đó bắt đầu chuỗi trận bất bại giúp họ vững chắc trong top 3. Ngoài ra, Lowe đã dẫn dắt họ đến vòng bán kết của EFL Trophy, màn trình diễn xuất sắc nhất từ ​​trước đến nay của Bury tại giải đấu này, trước khi họ bị đánh bại bởi Portsmouth. Để ghi nhận thành công của anh trong việc xoay chuyển tình thế đội bóng, Lowe đã ba lần được trao giải thưởng Huấn luyện viên xuất sắc nhất tháng – vào tháng 11 năm 2018, tháng 1 năm 2019 và tháng 2 năm 2019.[37][38][39]

Plymouth Argyle

Vào ngày 5 tháng 6 năm 2019, Lowe được công bố là huấn luyện viên của Plymouth Argyle,[40] giúp họ cán đích ở vị trí thứ ba và ngay lập tức trở lại League One trong một mùa giải bị gián đoạn bởi COVID-19.[41]

Sau khi dẫn dắt đội bóng của mình giành được bốn chiến thắng và hai trận hòa từ sáu trận đấu trong chuỗi 17 trận bất bại tại giải đấu, trong một tháng chứng kiến ​​Plymouth đứng đầu bảng League One, Lowe đã được vinh danh là Huấn luyện viên xuất sắc nhất tháng 10 năm 2021.[42] Vào ngày 7 tháng 12 năm 2021, Lowe từ chức huấn luyện viên Plymouth, với câu lạc bộ hiện đứng thứ tư tại League One ở thời điểm đó.[43]

Preston North End

Ngay sau khi rời Plymouth vào ngày 7 tháng 12 năm 2021, Lowe được bổ nhiệm làm huấn luyện viên của Preston North End tại EFL Championship.[43][44]